Jakupa Krasnićija, uz Hašima Tačija, Kadrija Veseljija i Redžepa Seljimija, Tužilaštvo Specijalnog suda za zločine OVK tereti za zločine nad stotinama civila na Kosovu i Metohiji – zajedno sa njima on je optužen za zločine protiv čovečnosti, konkretno progon, zatvor, mučenje, ubistvo, prisilni nestanak lica, druga nehumana dela, i ratne zločine (nezakonito hapšenje, okrutno postupanje, mučenje).
Čovek koji se tereti za takva krivična dela pred međunarodnim sudom, svojevremeno, odnosno baš u vreme dok je bio aktivni pripadnik OVK, se sastajao sa sadašnjim ambasadorom Sjedinjenih Američkih Država u Srbiji Kristoferom Hilom. Fotografiju na kojoj su Krasnići u uniformi sa amblemom OVK na ruci, Hil, Volfgang Petrič, Sokolj Bošota i Ram Bulja, snimljenu 1. januara 1999. u Dragobilju kod Orahovca, pokazalo je tužilaštvo na suđenju četvorici lidera OVK koje je u toku. Uz opasku da je Vašington činio mnogo da se u Prištini formira jedinstvena vlada svih Albanaca i da je to forsirala državni sekretar SAD Madlen Olbrajt.
Za Krasnićija se u optužnici podseća da je bio član Glavnog štaba OVK najkasnije od prvih meseci 1997, da je u junu 1998. bio član Direkcije OVK za politička pitanja i njihov zvanični portparol, a da je od septembra 2010. do aprila 2011. bio v.d. predsednika tzv. Kosova.
Zločini za koje se terete Krasnići i još trojica lidera OVK dogodili su se, kako se to navodi u optužnici, od marta 1998. do septembra 1999. godine, nabrojana su i mesta zatvaranja i mučenja na 15 lokacija na Kosovu i Metohiji i dve u Albaniji, pojedinačna imena 102 žrtve, pojedinačni zločini i ubistva nad civilima, zarobljenicima, neistomišljenicima.
Tači, Veselji, Seljimi i Krasnići su, prema navodima optužnice imali zajednički cilj da ostvare i sprovedu kontrolu nad celim „Kosovom“, između ostalog, „vršenjem nasilja nad onima koje su smatrali svojim protivnicima i njihovim protivpravnim zastrašivanjem, zlostavljanjem ili uklanjanjem“. Među tim protivnicima su bila lica za koja su smatrali ili su znali da sarađuju ili imaju veze sa zvaničnicima ili državnim institucijama SR Jugoslavije, kao i da nisu podržavala ciljeve ili metode OVK ili kasnije Privremene vlade Kosova, piše u optužnici.
Kako se između ostalog, navodi, počevši od 1994. i tokom čitavog inkriminisanog perioda, Glavni štab OVK je u raznim saopštenjima za javnost podržavao, podsticao, opravdavao kao legitimne i preduzimao odgovornost za napade na protivnike i njihovo ubijanje, a takođe eksplicitno pretio drugim protivnicima istom sudbinom.
„Hašim Tači, Kadri Veselji, Redžep Seljimi i Jakup Krasnići su lično učestvovali u postupcima preduzimanim protiv protivnika na terenu putem učestvovanja u zastrašivanju, saslušavanju, zlostavljanju i zatvaranju protivnika“.
U optužnici je navedeno i da su Tači, Veselji, Seljimi i Krasnići zauzimali najviše položaje u OVK ili Privremenoj vladi, da su imali efektivnu kontrolu nad organizacijom, ali i onima koji su direktno vršili krivična dela koja su navedena u optužnici.
Za Krasnićija se navodi da je tokom 1999. sa Kadrijem Veseljijem i Redžepom Seljimijem bio umešan u razne aspekte prebacivanja, zatvaranja ili puštanja zatvorenika koji su bili zatvoreni u jednom objektu blizu Klečke. Od novembra 1998. do juna 1999. najmanje 20 lica bilo je zatvoreno u jednoj kući i okolnim objektima u blizini Klečke, a kako se dodaje, zatvorenici su držani vezani, s povezima preko očiju i pod oružanom stražom.
Takođe, za portparola OVK navedeno je i da je identifikovan kao lice koje je bilo prisutno u bivšoj policijskoj stanici u Mališevu. Tačnije, opisujući kako su u julu 1998. pripadnici OVK napali Orahovac i okolna sela i tom prilikom zarobili srpske civile, dodaje se da su oni nešto kasnije prebačeni u Mališevo gde je bio i Krasnići.
Prema onome što se može pročitati u optužnici, u bivšoj policijskoj stanici u Mališevu držani su i ubijani zatočenici – od 16. do 26. ili 27. jula 1998. godine ovde je bilo zatočeno najmanje 48 ljudi. Od svih mesta zatvaranja koja su nabrojana u ovoj optužnici jedino je za Lapašticu u Podujevu procenjeno da je imala više zatočenika (najmanje 52), ali se radilo i o mnogo dužem vremenskom periodu, od novembra 1998. do marta 1999.
U optužnici je navedeno i 12 imena poznatih žrtava koje su ubijene u Mališevu.
„Zatočenici u bivšoj policijskoj stanici u Mališevu držani su u pretrpanim prostorijama, sa slabom ventilacijom, obezbeđivana im je neadekvatna hrana, voda, medicinska nega i posteljina. Identifikovano je da je Jakup Krasnići bio prisutan u bivšoj policijskoj stanici i da je jednom prilikom posetio prostoriju u kojoj su bili zatočenici. Više pripadnika OVK rutinski je podvrgavalo zatočenike teškim premlaćivanjima i psihičkom zlostavljanju“, navodi se u optužnici.
Navodi se i da su 19. jula 1998. pripadnici OVK izveli iz ćelija u Mališevu grupu od trinaestoro ljudi, odvezli ih nedaleko odatle i streljali, a da je jedan iz te grupe uspeo da pobegne. Tela 12 žrtava ekshumirana su iz masovne grobnice u Mališevu 2005. godine i njihova imena deo su optužnice.
Zatvor u Mališevu je ispražnjen 26. ili 27. jula 1998. godine, deo zatvorenika tada je ubijen, navodi se u optužnici, ali za deo onih koji su bili zatvoreni ovde, uprkos apelima porodica, nikada se nije saznalo gde počivaju niti kako su skončali.