Krsmanović je uhapšen u akciji „Sablja“, prvostepenom presudom bio je osuđen na 30 godina zatvora, ali mu je odlukom Apelacionog suda kazna smanjena na 20 godina.
Na suđenju je izrazio kajanje, zbog „svega što ga je dovelo u situaciju u kojoj se našao“ ali ne i za samo ubistvo.
Rekao je da će da ispriča sve o planiranju atentata i njegovom činu. Zbog tog „priznanja“ stizale su pretnje njemu i njegoj porodici, te zatvorsku kaznu nije služio u Požarevcu u Zabeli, kao i svi osuđeni za ubistvo premijera, već u Sremskoj Mitrovici.
„Priznao sam i nisam štedeo ni sebe ni druge. Ne želim da se branim time da sam nevin. Osećam se krivim i sud me ispravno proglasio krivim, ali kazna nije primereno odmerena. Ne tražim ni ponovno suđenje niti ukidanje presude“, naveo je Krsmanović u pisanoj žalbi, koju je pročitao sudija izvestilac Zoran Savić.
Osuđeni je izjavljivao da je krivicu osećao i pre ubistva Đinđića, te da je protiv svoje volje učestvovao u atentatu. Prema njegovom svedočenju, zaduženje mu je bilo da prati i javlja kretanje premijerovog vozila.
Advokat Veljko Delibašić, branilac Dušana Krsmanovića, na izricanju završne reči pre 20 godina, tvrdio je da je njegov klijent bio izmanipulisan, i da nije bio svestan svojih postupaka.